Началото на Първа евангелска църква – гр. София е поставено през 1864 г. от синовете на православния свещеник поп Тодор – Георги и Михаил и жените им и двете му дъщери. Това съвпада с работата  на първите мисионери Чарлз Морс и д-р Хенри Хаскел, които пристигат в София, за да проповядват благовестието в 1862 и 1863 г. Първите богослуженията се водили в шивашката работилница на В. Караиванов (ул.“Леге“ N 29) и в други домове на вярващите.
Мястото, на което се намира сегашната сграда е закупено от членовете на църквата в края на 80-те год. на 19 век. Строителството на църковната сграда е изпълнено за 11 месеца и тя е осветена на 17 юни 1889 год.
Първият редовен проповедник е Георги Панчев, завършил богословското училище в гр. Самоков.
В началото на 20 век църквата е основано единственото евангелско сиропиталище в България, закрито от комунистите през 1948 г.
По време на Втората световна война сградата е разрушена от бомбардировките на 10 януари 1944 г. Възстановена е в същия вид след войната. В църквата са служили петима пастири, репресирани от тоталитарния режим.
Първа евангелска църква осъзнава своята отговорност да бъде светлина и сол в нашата столица и винаги пребъдва в молитва за Божията благодат, мъдрост и сила, за да продължава да пази своята чистота и да излага право Словото на истината за Спасение чрез вяра в Исус Христос.
Тя е водеща църква в Съюза на евангелските съборни църкви в България, основан през 1888 год.